• ¿Cuáles son las mejores apps para avanzar en tu proyecto de investigación?

September 10, 2019

La vida en el laboratorio puede ser muy acelerada, con poco tiempo entre incubaciones para prepararse para la siguiente etapa de un experimento, pero afortunadamente vivimos en una era de soluciones digitales que pueden simplificar significativamente los cálculos experimentales y la planeación requerida en todo trabajo de investigación. Aun cuando no se esté frente a una computadora es muy probable que se cuente con un teléfono inteligente que permita acceder a internet, lo cual significa tener a mano un número impresionante de herramientas de ayuda para el trabajo que se esté realizando.
Figura 1. En la era digital que vivimos tenemos fácil acceso a una gran cantidad de información en prácticamente cualquier lugar mediante distintos dispositivos móviles.

Desde clonación y preparación de experimentos con virus, pasando por técnicas como PCR y CRISPR/Cas 9, a continuación te presentamos una serie de herramientas digitales que harán más fácil tu día a día como investigador.

PCR y qPCR

El diseño de los cebadores (primers o iniciadores) es una etapa crítica en cualquier ensayo de PCR o PCR en tiempo real (qPCR), por lo cual Integrated DNA Technologies (IDT) facilita varias herramientas en línea para el diseño, análisis y dilución adecuada de tus cebadores. Estas herramientas permiten, entre otras cosas, determinar las condiciones adecuadas de reacción e identificar secuencias problemáticas antes de utilizar tus preciados reactivos y moldes de ácidos nucleicos.

Clonación

Sin importar el método de clonación que se utilice, siempre es deseable contar con una buena planificación del proyecto en cuestión y es en esta etapa donde entra SnapGene Viewer, que permite visualizar y simular distintos procedimientos ampliamente utilizados en biología molecular, especialmente aquellos relacionados con la clonación celular. Este software además de poder ser utilizado para métodos de digestión con enzimas de restricción cuenta con soporte para métodos de clonación como Gateway Cloning, Gibson Assembly, In Fusion Cloning, y TA cloning.
Takara Bio ofrece en su Learning Center distintas herramientas digitales gratuitas especialmente diseñadas para ayudar en procedimientos de clonación celular, entre ellas una calculadora de la proporción molecular adecuada, es decir, la cantidad de vector y de inserto necesarios, una herramienta para el diseño de los cebadores y una herramienta para identificar que enzimas de restricción cortan una determinada secuencia de ADN de interés. Estás herramientas pueden hacer cosas como acomodar uno o múltiples insertos de clonación de la manera adecuada, linearizar vectores de clonación por PCR inversa o corte con enzimas de restricción y simular mutagénesis sitio-dirigidas.
Otra herramienta práctica a destacar en este ámbito es el contador de colonias en placas de cultivo EZ Colony Counter, que utiliza la cámara de los teléfonos inteligentes para capturar imágenes de las colonias transformantes (colonias que han absorbido, incorporado y expresado material genético exógeno) en una placa para posteriormente detectar y registrar el número de colonias de este tipo presentes en ese cultivo. En 2015 Enzo Life Sciences desarrolló una herramienta similar, pero para para la lectura y análisis de placas en ensayos ELISA.

Transducción viral

La transducción es el proceso mediante el cual un pequeño fragmento del genoma de una célula es transferido a otra mediante un bacteriófago que actúa como vector del fragmento transferido. Este proceso puede ser muy demorado, en especial cuando se trabaja con lentivirus (virus cuyo período de incubación es muy largo); sin embargo, la app Lenti-X GoStix en conjunto con el Lenti-X GoStix Plus de Takara Bio permiten cuantificar este tipo de virus en una preparación en sólo diez minutos. Este protocolo rápido y práctico puede reemplazar métodos tradicionales que requieren más tiempo de trabajo para determinar el título viral exacto como qPCR y ELISA. Esta aplicación está disponible actualmente para iPhone y dispositivos Android y permite enviar los datos por correo electrónico.

CRISPR / Cas9

Esta es probablemente una de las metodologías más impactantes, innovadoras y más debatidas desarrolladas en todo el ámbito científico, e incluso me atrevería a decir en cualquier ámbito, en las últimas décadas pues se trata nada menos que de una tecnología que permite editar genomas de cualquier especie. Para ello el primer paso necesario es el diseño del ARN guía (sgRNA) para apuntar a los genes de interés. El diseño óptimo del sgRNA es fundamental para el éxito en este tipo de experimentos y es por ello que Takara Bio ha hecho una revisión de las principales herramientas disponibles en la web para ayudar en este propósito. IDT también proporciona asistencia en este tema con opciones para seleccionar entre sgRNAs prediseñados, diseñar sgRNAs personalizados y evaluar esos diseños antes de adquirirlos.

Calculadoras y temporizadores

Existe una gran cantidad de calculadoras en línea para una amplia gama de funciones, incluyendo la asignación de números aleatorios, conversión de unidades y la preparación de buffers. Entre las más destacadas están el sitio web GraphPad, que incluye calculadoras para análisis estadísticos y análisis de datos químicos y radioquímicos. Sigma-Aldrich tiene una página dedicada a la conversión de unidades, desde temperatura y presión hasta caudal y absorbancia / transmitancia. Las calculadoras BioMath de Promega, también disponibles para dispositivos iPhone y Android, ayudan con las conversiones de ADN y proteínas, además de otros cálculos ampliamente utilizados como diluciones y molaridad. Otra herramienta destacada es la aplicación Biological Buffer Calculator (para iPhone y Android), que toma los parámetros deseados y devuelve volúmenes de soluciones de stock para preparación de buffers.
Figura 2. Temporizador portátil típicamente utilizado en laboratorios.

Estamos acostumbrados a caminar por nuestros laboratorios y oficinas con temporizadores en las manos, pero la aplicación LabTimer permite agregar etiquetas a cuatro temporizadores distintos de manera simultánea, con fácil acceso para repeticiones, imitando los dispositivos digitales tradicionalmente usados hasta ahora en muchos laboratorios.

Protocolos y bases de datos

La aplicación Protocols.io (para iPhone y Android) permite iniciar protocolos, realizar un seguimiento de las modificaciones y registrar detalles a medida que se realizan los experimentos. En ella se pueden desarrollar protocolos propios personalizados o elegir entre aquellos que están disponibles públicamente en su base de datos.
Los teléfonos inteligentes tienen acceso a bases de datos como PubMed y BioGene a través de aplicaciones para iPhone y Android. PubMed On Tap (iPhone) y Prime: PubMed Journals & Tools (Android) permiten acceder a citas actualizadas y compartir artículos directamente desde las aplicaciones, mientras que con la aplicación BioGene para iPhone se pueden extraer instantáneamente la función y las referencias de un gen simplemente ingresando el símbolo o nombre del gen de interés.
Con aplicaciones nuevas siendo presentadas regularmente, las herramientas para hacer el trabajo de laboratorio más ameno mejorarán constantemente. ¡Las nuevas tecnologías han llegado para quedarse y hacer el trabajo de investigación más fácil y rápido!

Adaptación del artículo original publicado en la web de Takara Bio



 Ivan Leon

  Representante de Allscience




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